三軍總醫院是國內最早成立大腸直腸外科專科之醫院，在1967年成立，當時由杜聖楷醫師擔任主任，後來台北榮總成立，杜主任調任台北榮總擔任主任，而三總主任則由周良騏主任接任。之後歷經王振湖主任、林繼昌、饒樹文、吳昌杰、蕭正文及李家政等五位主任，目前主任則由陳昭仰擔任。   

  本科對於醫師專業訓練要求十分嚴格，住院醫師在經過三年外科的住院醫師訓練之後，即固定本科專做大腸直腸外科之醫療工作，經過四年住院醫師及一年總醫師的訓練後，才有資格升任主治醫師，之後多數之主治醫師皆會派往國外知名之醫學中心再接受進一步之專業訓練。

   本科之醫師皆是專做大腸直腸及肛門之手術，並不兼做一般外科之手術。對於大腸直腸外科之各種疑難雜症及各類手術，皆是學有專精，術有專攻。各類手術之進行及各項研究成果，絕對不輸世界知名醫學中心，甚至有許多項超越他們。多年來國內許多醫院陸續派遣醫師來本科進修，包括馬偕、和平、仁愛、耕莘等知名醫院，其他國軍醫院如松山分院、台中總醫院、桃園總醫院、花蓮總醫院及高雄總醫院等，也都陸續有醫師來本科進修，可說本科也為國內培植了不少優秀的大腸直腸外科專科醫師人才。