本部歷史悠久，可溯自台灣光復後，民國三十五年八月，成立耳鼻咽喉科於台北市廣州街小南門之「臺灣陸軍醫院」，當時主任為王老得醫師。 民國三十九年改制為「陸海空軍第一總醫院」，民國四十四年九月再更名為「陸軍第一總醫院」。 直至民國四十七年十一月期間皆由王老得醫師擔任主任。 民國四十九年五月再更名為「陸軍 801總醫院」。 民國五十六年七月，醫院遷址到台北市水源地更名為「三軍總醫院」，耳鼻喉科也由外科部獨立出來而成為耳鼻喉部。 直至民國六十五年二月期間皆由方良金醫師擔任主任。 民國七十二年七月，三軍總醫院編併於國防醫學院之直屬教學醫院。 民國八十九年十一月三總及國防醫學院遷至內湖新院址。發展至今，期間歷任之耳鼻喉部部主任依序為劉榮譜、蘇文勇、陳祥霖、林炯堃、王興萬、林曜祥、蘇萬福、王智弘、朱永祥、康柏皇等主任。民國一百零五年一月由李日清醫師接任部主任至今。

                民國六十七年本部隸屬於國防醫學院「耳鼻喉科學系」，民國七十二年七月後改隸為「醫學系耳鼻喉學科」，負責醫學系「耳鼻喉頭頸外科學」課程之講授、醫學生醫院見、實習之教學，以及進修軍醫與民間醫學院畢業之住院醫師耳鼻喉科專科醫師訓練工作。 耳鼻喉科學課程內容包括：耳鼻喉及頭頸部之解剖及生理；各種耳鼻喉與頭頸疾病之病理成因；聽覺生理及臨床聽力學與聽力檢查;前庭生理與功能檢查; 外耳、中耳、內耳之疾病；咽喉、唾液腺之疾病；鼻、鼻竇之疾病；頭頸部腫瘤之診斷及治療；耳鼻喉科急診處理等。

               本部遷至內湖院區後，目前病床數為32床，月平均門診量在4200到4500人次，急診約為150-200人次，住出院約為200人次，床位使用率在90% 到100%之間。

表一、耳鼻喉部歷任部科主任

表 二、耳鼻喉部重大事記