三軍總醫院泌尿外科於西元1967年正式成立，現泌尿外科病房位於主體大樓四樓45病房。
目前科內主要成員為于大雄醫師、孫光煥醫師、查岱龍醫師、吳勝堂醫師、蒙恩醫師、曹智惟醫師、高建璋醫師、楊明昕醫師、陳進利醫師、卓育慶醫師、丁慧恭醫師、周孟翰醫師及江佩璋醫師。
泌尿外科主要的服務項目：
1. 鼠蹊部疝氣-腹腔鏡疝氣修補手術
2. 攝護腺肥大-電刀刮除手術、雷射汽化/切除手術
3. 尿路結石-體外震波碎石術(ESWL)、軟式輸尿管鏡碎石手術(RIRS)、經皮腎造廔取石手術(PCNL)
4. 泌尿道腫瘤微創手術（腹腔鏡、機器人手臂手術、海福刀）
5. 微創精索靜脈結紮手術
6. 婦女泌尿