三軍總醫院胸腔外科有悠久的歷史，自國防醫學院隨政府遷台後便積極派訓國外進修，於民國40年即成立胸腔外科，在歷任科主任及同仁的努力不懈，積極發展下，始有目前的規模，特別是內視鏡手術的進展更是蓬勃拓展。
胸腔外科從事胸腔病人之診斷與治療，臨床服務的範圍有氣管、肺、食道、縱膈腔、胸廓及橫膈膜等部位的疾病。此外軍陣醫學、胸部外傷、胸腔重症照護亦屬本科範疇，對於治療胸部創傷、食道化學性灼傷、胸廓畸形，具有豐富之經驗。
本科近十年來發展影像輔助胸腔鏡微創手術，以胸腔鏡治療肺腫瘤(楔狀切除、肺節切除、肺葉切除)以及食道癌(切除及重建手術)等等。本科發展單孔胸腔鏡手術、不插管胸腔鏡手術等技術已臻成熟，胸腔鏡已取代傳統開胸手術，成為例行手術。近幾年來更投入發展胸腔達文西機械手臂手術，能顯著減少病人手術後傷口疼痛，加速術後之復原及外觀美容上的改善。
本科為增進臨床診斷及治療之進步，持續更新科內新穎設備。目前除備有胸腔內視鏡、高解析度電阻抗食道蠕動功能儀器、支氣管超音波(含迷你探頭)、自體螢光支氣管鏡、胸腔電阻抗監測儀等。引進了Veran、阿基米德電磁導航支氣管定位系統及Synapse 3D影像模擬系統等各式工具，使整合支氣管鏡介入治療方面以及各式胸腔手術之術前規劃更添利器。接下來更將引進紅外線光譜影像內視鏡系統，完整本科胸腔內視鏡相關設備。
本科除了注重病人之臨床服務外，亦重視胸腔疾病之研究及治療，目前每年持續辦理科技部等各項研究計畫、國際客座教授邀請，與國際接軌；在人才培育方面，依各級醫師規劃教育內容及教材、國內外長短期進修及基礎研究，期望能提供病人適切的治療與臨床照
未來本科的發展重點如下：
• 肺臟移植手術及相關照護。
• 胸腔鏡肺節切除手術、不插管胸腔鏡手術、單孔胸腔鏡手術、經胸骨劍突下胸腔鏡手術。
• 胸腔惡性腫瘤基礎研究，發展精準醫學。
• 利用複合式手術室發展一站式術前定位技術。
• 結合支氣管鏡超音波、自體螢光支氣管鏡及導航支氣管定位系統等，整合支氣管鏡介入治療。
• 利用Synapse 3D影像模擬系統，增進各項手術(肺結節定位、肋骨骨折固定、胸廓矯正)的術前評估預測，提升手術治療效果。
• 胸腔電阻抗監測儀於胸腔疾病、手術之運用，監測各項肺部手術之肺生理之變化。
• 發展胸腔達文西機械手臂手術，提供病人更多治療選擇。
• 推廣高解析度食道功能檢查（High resolution manometry + 24 hours pH meter），能提供食道功能性疾患病人更完整的評估。
• 發展微創自然孔手術 (POEM: peroral endoscopic myotomy & ESD)，提供早期食道癌以及食道功能性疾病更
本科服務
肺癌篩檢、肺結節及毛玻璃病灶、胸腔腫瘤、縱膈腔腫瘤、食道腫瘤、吞嚥困難及食道功能性疾病、氣管狹窄及息肉、食道及氣管異物、橫膈疝氣、胸部外傷及肋骨骨折手術、血氣胸及膿胸、胸壁畸形(漏斗胸及雞胸)、創傷性或化學性食道損傷(強酸或強鹼)、咳血、胃食道逆流、3D列印輔助技術(漏斗胸.肺結節.肋骨骨折)、胸腔微創內視鏡手術。
近期獲獎事項:
2018年SNQ國家品質標章 運用3D影像模擬及電腦斷層定位執行胸腔鏡輔助肺葉肺節切除
2019年SNQ國家品質標章 運用3D列印於胸壁重建及肋骨骨折固定手術之成效
第16屆國家新創獎 3D列印輔助客製化漏斗胸矯正版之新穎設計模式
