過去，我國的醫師訓練歷程是醫學系畢業生直接進入各專科分科訓練，培養各專科或次專科的優秀醫師。在2003年國內發生SARS疫情時，暴露醫療體系及醫學教育體系太早專科化訓練的缺點，待疫情趨穩之後，衛生福利部於2003年7月正式公告實施「畢業後一般醫學訓練計畫」，藉此逐步修正住院醫師訓練制度。
本院自2003年7月至2006年6月配合政府政策，開始實施畢業後一般醫學3個月訓練計畫，此一階段改善了醫院的教學氣氛、奠立一般醫學精神與理念；嗣後於2006年7月成立一般醫學內科示範中心，與教學室協同辦理一般醫學6個月訓練計畫，融入專科醫師訓練課程綱要，建立畢業後一般醫學訓練模式；2010年正式編組成立一般醫學部，下轄內科示範中心；民國2011年起實施一年期課程，PGY訓練進入一個新的里程，因為它們非屬各專科的第一年住院醫師，而是PGY醫師；2016年著手執行分組試辦。期達到提升受訓學員學習成效，培養新進醫師具備獨立醫療實做能力，提升醫療服務品質及確保病人安全；自2019年起實施二年期課程，為因應未來的社會需求及老年化趨勢，課程內容包含畢業後全人醫療、五大科照護、老年醫學及基層醫療等訓練以及跨領域團隊合作照護，奠定畢業後教育訓練的一般醫學基礎，以銜接專科住院醫師訓練。
三軍總醫院一般醫學部歷屆主任
| 任期 |
一般醫學部主任 |
畢業學校 |
| 2010-2015 |
張 維國 |
國防醫學院醫學系79期 |
| 2015-2016 |
林 永崇 |
國防醫學院醫學系86期 |
| 2016-2019 |
陳 金順 |
國防醫學院醫學系84期 |
| 2019-2021 |
林 永崇 |
國防醫學院醫學系86期 |
| 2021- |
黃 天祐 |
國防醫學院醫學系89期 |
三軍總醫院一般醫學部歷年年史
| 年代 |
大事紀 |
| 2003 |
配合衛生署公告實施畢業後一般醫學訓練計畫，開始訓練學員，
訓練期程3個月(1個月外科、1個月內科及1個月社區) |
| 2006 |
本院成立一般醫學內科專責病房以及內科示範中心 |
| 2010 |
本院成立一般醫學部 |
| 2011 |
正式實施一年期訓練：4個月內科(含1個月社區內科)、2個月外科、
1個月急診、1個月兒科、1個月婦產科、2個月社區、1個月選修
|
| 2019 |
正式實施二年期訓練 |