提起大腸鏡、胃鏡檢查，許多人的第一反應就是「好痛」，甚至因此拒絕受檢，於是有所謂的「麻醉無痛內視鏡檢查」問市，不過根據國外統計發現，麻醉下的大腸鏡檢查可能有千分之一左右的合併症，國內醫師提醒民眾，其實疼痛是一項警訊，讓醫師在操作時，能夠從病患的反應，拿捏尺度，非必要，還是不要麻醉止痛。 
　　三軍總醫院大腸直腸外科主任饒樹文指出，臨床上，常有患者因害怕做大腸鏡檢查，以致約有四分之一的大腸直腸癌患者發現癌變時，多已轉移，錯失最佳治療時機。 
　　因此現在有所謂的「麻醉無痛內視鏡檢查」，可以讓患者比較沒有疼痛感，但是有利就有弊，像患者要自費，而且只要是麻醉，就會有風險。 
　　此外，在醫學會中，也有醫療院所報告，有七例接受此項檢查而發生腸穿孔，必須接受開刀等處理，主要是因為一般大腸鏡檢查時，病人如果覺得痛，就會「唉唉叫」，讓醫師知道要調整一下角度，如果病人被麻醉了，醫師在操作時，就有可能會不小心撐破腸子，所以除非有必要，不然醫師也不特別建議在麻醉下接受檢查。 
　　台安醫院內科主治醫師蔡青岩指出，大腸內視鏡造成腸破裂的原因中，有一部分是內視鏡鏡管本身造成，因為鏡子在大腸穿梭時，也許鏡頭不小心碰撞到腸子，也可能是鏡身過度牽扯到大腸，造成腸破裂。 內視鏡大腸破裂與許多因子有關，也許是病人本身狀況不好，如骨瘦如柴、長期臥床，或動過腹部手術，但是麻醉也是一個重大因子，如果病人覺得痛，腹部肌肉會自然收縮，收縮的肌肉可避免大腸被過度牽扯、伸展，這是一種保護機制。 
　　蔡青岩醫師表示，近年來，也有研究顯示，即使沒有麻醉，病人也可以在無痛情況下，完成大腸內視鏡檢查，因為痛是一種危險警訊，若不改變大腸鏡的操作手法，只是用麻醉來消除警訊，並非最好的選擇。 不過醫師並不反對某些特殊對象在麻醉狀況下，進行胃鏡檢查，譬如在做胃鏡檢查時，要做內視鏡超音波，還有切除病灶或抽取組織做進一步檢查，病人可能因嚴重嘔吐，不利檢查進行，或是曾做過胃鏡檢查，而發生嚴重嘔吐者，是可以考慮做麻醉無痛胃鏡檢查。 
　　因為胃鏡檢查必須克服咽喉反射，這是一種異物在咽喉時，必然產生的自然反應，雖然檢查前，會用局部麻醉，減少咽喉敏感度，在四至六分鐘的短時間檢查，受檢者還可忍耐不適，但是做更久或更深的檢查時，除了咽喉反射外，檢查時造成的脹氣，及管子對腸胃的撐展，往往會讓病人度秒如年，配合度也就大為降低。