民國 56 年 7 月陸軍 801 總醫院改組成立三軍總醫院，即設有胸腔內科，下有肺功能室、支氣管鏡室、吸氣治療。

民國 78 年將原來的吸氣治療擴編為完整的呼吸治療室統籌全院的呼吸治療及呼吸器維護管理等，呼吸治療室主任兼任內科加護中心主任。於 85 年成立胸腔超音波室。

臨床服務方面目前有門診、睡眠醫學中心、一般疾病病房、海底暨高壓氧醫學中心、內科加護中心、呼吸加護中心及呼吸照護病房。

民國98年6月份於汀州院區成立呼吸照護病房，依據全民健保呼吸器依賴患者整合性照護計畫，俾使於呼吸加護中心訓練仍難以脫離呼吸機病人，可以得到適當的後續照顧，並延續呼吸訓練。

教育訓練方面涵蓋一般呼吸學、睡眠醫學、海底及高壓氧醫學、呼吸照護及重症加護醫學，內容包含臨床病人照顧，肺功能檢查，呼吸治療，支氣管鏡檢查，超音波檢查，呼吸道鐳射治療及重症加護等，期能對於呼吸與重症加護有興趣的醫護同仁提供完整的專業訓練。

研究方面，在專科主治醫師指導下從事基礎及臨床呼吸及重症加護疾病之研究。期能使完成本科訓練之醫師，在治療、教學、研究三方面均能建立穩固之基礎，能獨當一面，並通過各次專科醫師考試。希望主治醫師申請國防醫學院臨床醫學科學研究所或國外研究所從事博士學位進修訓練，亦可至已建立良好關係的美國哈佛醫學院，西雅圖華盛頓大學，賓州大學與Mayo Clinic 等著名醫學院，為期一至二年短期進修特殊臨床技術或參與博士後研究，以期提昇研究與醫療水準，在醫學界負起承先啟後的責任。