民國80年1月正式成立研究病房(位於舊址汀州院區)。
民國88年12月起獲行政院衛生署經費補助，合作設立「新藥臨床試驗中心」，包含研究病房及臨床藥物動力學實驗室(本中心於89年10月搬遷至現址內湖國醫中心)。
民國91年1月起獲行政院衛生署中醫藥委員會經費補助，合作設立「中藥臨床試驗中心」。
民國94年9月1日整合「新藥臨床試驗中心」及「中藥臨床試驗中心」為「新藥暨中藥臨床試驗中心」。
民國96年9月1日「新藥暨中藥臨床試驗中心」更名為「臨床試驗中心」。
民國100年4月1日提升為本院正式編組，仍稱「臨床試驗中心」。
民國100年7月1日起進行汀州「臨床試驗中心」整建工程，歷時三年終完成啟用，在兩院區之重新規劃及場地配置後，內湖院區75病房計保留31床，19床則遷移至汀州院區介壽三樓成立「第一期臨床試驗中心」。
民國103年7月9日上午10時，於汀州院區介壽三樓盛大舉行「第一期臨床試驗中心」開幕揭牌儀式， 並恭請軍醫局吳怡昌局長、食品藥物署葉明功署長、胡幼圃考試委員、前院長于大雄教授、本院俞志誠院長及本中心朱凱民主任共同揭牌。