三軍總醫院臨床試驗中心之設立，源於民國77年中央研究院來函稱：為求達成臨床研究訓練之目的，應著手成立"研究病房"；並認為國內各臨床醫學研究中心需建立研究專用病床8至10床，方能從事正確客觀的臨床醫學研究。本院於民國80年1月正式成立研究病房(位於舊址汀州院區)。此後，中央研究院生醫所每年均編列預算支援研究病房，至88年底研究病房總共執行42項臨床試驗計畫。
三軍總醫院為配合行政院衛生署「健全新藥臨床試驗體系與運作機制」的政策，在中心負責人張聖原教授的主持下，自88年12月起獲行政院衛生署經費補助，合作設立「新藥臨床試驗中心」，包含研究病房及臨床藥物動力學實驗室，著重於PhaseⅠ及PhaseⅡ新藥研發的領域，以促進我國製藥產業藥品的研發。(本中心於89年10月搬遷至現址內湖國醫中心)
並於91年1月起獲行政院衛生署中醫藥委員會經費補助，合作設立「中藥臨床試驗中心」，積極推動中醫藥現代化，科學化及國際化。