院史沿革　　

本院前身為南京下關海軍醫院，創立於民國34年11月，民國36年4月奉令改為海軍第五醫院，迨民國37年冬中共全面叛亂，京滬不穩，本院遷移浙江定海，民國38年9月京滬失守，戰局持續惡化，即奉撥瑯琊號供應艦一艘，做為醫院船，本院人員及設備等，悉遷於艦上作業，同時奉改番號為第一醫院。該艘瑯琊供應艦原係商船，名「舟山」號，政府於民國38年在浙江將之徵收，並將本院(定海海軍第一醫院)搬上船而成為中華民國海軍有史以來唯一的一艘醫院船。成軍之後即長駐定海舟山戰區服勤，稍後於民國39年回到基隆後解編除役。民國38年期間中共大舉渡江，醫院船既經常巡駛於普陀山、長塗島等各沿海島嶼，擔任救傷及治療工作。民國39年5月醫院船駛台灣，泊於基隆，同時撤銷手術室編制，增設政治處，藥局改編為衛材組，員額不變。之後經海軍第三軍區部與基隆市政府等單位會商，在獅球嶺覓妥營地，迨陸地院舍 落成後，本院於民國41年9月始遷駐辦公，院舍及設備亦逐年增建與擴充。

 
 
　　民國46年2月1日本院復奉海軍總部核定改番號為海軍第三醫院，民國47年8月23日金門炮戰，自8月25日起我海軍駐防外島及艦艇官兵，負傷者大批送至本院收治，歷時半年餘，為適應日益增加之繁重工作需要，呈准於民國49年6月1日起擴大編制，增設護理長等人員。同年11月，為擴大為軍民服務工作，奉准於基隆市義一路成立民眾診療院。
　　為配合地區發展及北機二路之興建，本院於民國51年3月拆除改建。同年7月17日台灣發現霍亂症，本院於同月21日起，採取緊急防範措施，動員官兵，分別在醫院、民眾診療院及各眷區新村，普遍為官兵眷屬與市民注射霍亂疫苗，歷時2月餘。

 
 
　　民國55年11月16日本院遷至旭丘山現址，並奉命改稱海軍基隆基地醫院，民國75年配合國軍健全案，改稱國軍八一二醫院。另為擴大服務範圍與考量就醫便利性，民眾診療院先後遷至基隆市劉銘傳路與現址孝二路。為紀念金門料羅灣海戰壯烈犧牲的沱江艦中尉醫官陳科榮，於民國64年7月24日建造科榮館，並於民國65年6月落成，海軍總司令宋長志上將特贈紀念碑以茲紀念。民國87年配合國軍精實案，本院實施編裝調整並更名為國軍基隆醫院，民國91年3月1日，配合國防二法施行，本院改隸國防部軍醫局。

　　民國93年11月1日，配合國軍「精進案」，國軍基隆醫院裁撤，由國防醫學院三軍總醫院承接，成立三軍總醫院附設基隆民眾診療服務處，由陳惟華上校擔任基隆民診處主任，肩負起承先啟後的重責大任；民國94年1月25日國防部霍守業副部長親臨視察改制後承接概況，讚許第一階段銜接任務符合預期，同年6月16日由羅慶徽上校接任本處主任乙職，積極準備醫院評鑑與醫療業務推廣，於同年7月28日通過地區醫院評鑑。

　　民國96年1月16日由高偉堯上校接任本處主任，積極參與市府各項政策推廣與一般醫學科訓練課程，同年2月27日榮獲基隆市政府頒發推動議政工作績效卓著獎章，同年4月18日通過一般醫學科醫院評鑑(PGY)，民國97年9月11日通過新制醫院評鑑「優等」，為國軍醫療院所第1個獲此殊榮之地區醫院，成效卓著。

　　民國97年11月1日由陳冠助中校接任本處主任，期間因任務所需於98年5月改任署澎分院院長，並由陳建同上校於98年5月1日接任本處主任，為積極推廣高壓氧業務與配合國軍潛艦之成立，99年3月9日於科榮館新設置12人座高壓氧艙並由軍醫局范保羅局長、總院于大雄院長、基隆市張通榮市長及衛生局王博恩局長主持啟用典禮，同年8月17日國防部高華柱部長親臨本處視察，參觀高壓氧12人艙設備，並於艙內聽取潛醫科業務簡報。
 

   
　　民國99年12月1日由彭家勛上校接任本處主任，積極推廣醫療服務與照顧基隆地區官兵及榮民，經提升養護機構服務、引進體外震波碎石設備、推動病房更新、緊密與三軍總醫院醫學中心結合，積極爭取總院的奧援等作法，帶動整體營運績效提升。目前本院所有同仁除秉持發揚優良傳統外，並積極努力提升醫療服務品質，以提供軍人和民眾優質的醫療服務，期望能成為基隆地區軍民首選的醫院。

　　民國100年9月16日由潘如瑜上校接任院區主任，積極整修、擴建臨床科室及病房、深耕基層，提升院區能見度，擴展醫院服務量。

民國102年7月6日由陳金順上校接任院區主任，承先啟後，持續精進門、急診與住院服務，爭取三總醫療團隊進駐，提升疾病診療精確與效率，強化地區之緊急醫療並發展慢性病療養之住院環境。 
民國104年1月1日，本處奉國防部令更銜為三軍總醫院基隆分院。