病理部可回溯至國防醫學院的前身「陸軍軍醫學校」，於民國八年選派醫科第一期陳輝醫師赴日本進修病理學，民國六十七年本單位奉核成立病理學科和病理暨寄生蟲研究所。現為國防醫學院病理學科、病理暨寄生蟲研究所與三軍總醫院病理部三單位合併，負有臨床服務、教學、與研究任務。本部所共分成六個部門，外科病理科、實驗病理科、一般病理科、細胞病理科、電鏡室及臨床病理科。在歷任前輩努力耕耘下，現有專任主治醫師14名(解剖病理11名、臨床病理3名)、住院醫師4名(解剖病理3名、臨床病理1名)、醫事人員12名，具部定教授3名、副教授4名、助理教授2名及講師2名。