在1967年三軍總醫院正式由陸軍八０一總院改組成立，國防醫學院外科學系主任由張先林先生擔任，任期為1949 - 1969 年，直至1969年1月29日逝世。在1955 - 1967年間由鄧述微先生擔任陸軍八０一總院外科部主任。三總成立後，文忠傑先生擔任第一任外科部主任，任期由1967 - 1973年間。張先林先生逝世後，由王師揆先生接任外科學系主任，任期在1969 - 1978年間。文忠傑主任退休後由骨科馬擢主任代理外科部由1973 - 1975年。接著由神經外科施純仁主任接掌外科部由1975 - 1984年間，並於1967年兼任外科學系主任，王師揆主任則於1968年退休。在1969年5月國防醫學院與三總合併。在1949年政府遷台時，隨著政府來台之國防醫學院美式醫學教育及臨床訓練制度，所帶來的對當時台灣醫學教育衝擊是明顯而直接的。不論是學校之簡陋或醫院之建築及舊有之設備都十分不入流的，要說是一個醫學院之附設醫院，別說以今日眼光來看，以當時之標準都很難以形容此為大學之教學醫院。但是憑著國防醫學院來台教授們之陣容及其投入教學訓練精神之旺盛，吸收新知識及推廣新技術之熱忱，使得全體同仁均能篳路籃縷、同舟共濟來共體時艱。

　　張先林教授著眼於第二次世界大戰時，使德國、日本等國之醫學落伍後退，而讓美國之外科系統醫學遙遙超前之原因，大部份是因為全身麻醉醫學之落伍。所以戰後即推動全身麻醉之教學及訓練，每一位住院醫師一定要接受開放性麻醉法、氣管插入法之訓練並派員(王學仕醫師)前往美國Wisconsin大學接受訓練。他回國後開始施行閉塞性正壓全身麻醉以用於胸腔及心臟等手術，以當時而言，可說是很重要的貢獻及里程碑。

　　1949年政府遷台後停止活動的國際外科學院中華民國分院3月在台灣復會。而張先林教授擔任在台復會後的第一任會長。而王師揆教授為第四任會長。施純仁教授則約十年左右時間被聘為秘書長。在當時毫無經費且常需自籌經費代表我國出席國際性會議或發表論文，奔波於台大及國防醫學院間，不遺餘力，毫無怨言。

　　中華民國外科醫學會於1968年成立，所有的外科教育人員有感於一般外科以外之更進一步細分之專科醫師培養及再教育制度之迫切性，因而委請王師揆教授參照美國的外科專科醫師制度為藍本，擬定了我國外科專科醫師制度之草案，但遭到許多反對及阻力。直至施純仁教授任期內召開外科醫學會理監事會討論，結果一致通過實行外科專科醫師制度。此一專科醫師制度為我國直接在第一線接觸病患之臨床醫師開闢一個良好的規範。王師揆教授與施純仁教授兩人共同在國防醫學院教神經外科學；在1968年三總成立神經外科逐漸為重要之訓練中心。王先震主任於1994年9月接任外科部主任，任內推動住院醫師訓練，成立縫合訓練班，並完成臨床核心教材。1997年5月李世俊主任接任外科部主任，任內推動部定住院醫師逐年考評辦法、外科醫療品質委員會及外科部同仁論文研究之獎勵辦法。

　　三總外科部佔國內外科學重要的一席之地，本部也將秉持此優良傳統，鼓勵同仁積極從事論文寫作、醫學之研究及教學服務。儘管近年來從事外科之醫事人員逐漸減少，本部仍積極培養年輕住院醫師以期養成富有使命感、有發展力且德行優良之領導人才。期望本部培養之人才能在社會上出人頭地，為國家社會提供最好的醫療服務。