國防醫學院前身為「北洋軍醫學堂」。1949年隨政府遷至臺北水源地，以陸軍八○一總醫院（成立於1946年）為其教學醫院，使本學院教育組織型態更趨密切。為因應國防醫學發展及配合時代之需要。2000年4月，「國防醫學中心整建工程」完工後，同年11月與三軍總醫院一起搬遷至佔地面積43公 頃的內湖現址。內湖院區於2000年10月11日 開始門診及住院，急診作業則至2000年11月7日開始服務。
本院大腸直腸外科於1950年代成立，是國內最早成立大腸直腸外科專科之醫院，當時由杜聖楷醫師擔任主任，後來1959年1月台北榮總成立，杜主任即調任台北榮總擔任主任。1967年7月，801總醫院改制為三軍總醫院，由周良騏醫師擔任主任一職。之後歷經王振湖、林繼昌、饒樹文、吳昌杰、蕭正文及李家政等六位主任，目前主任則由陳昭仰擔任。
大腸直腸外科歷任部科主任
任期
主任
1997-2005
饒樹文主任
2008~2018
吳昌杰主任
2018~2020
蕭正文主任
2020~2021
李家政主任
大腸直腸外科重大事記
年代
大事記要(含榮譽事蹟)
1967
成立大腸直腸外科
2003
饒樹文主任擔任大腸直腸外科醫學會理事長
2015
開始達文西機器手臂手術系統手術
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