一、內湖院區：台北市內湖區成功路二段325號
1. 入內湖院區公車：聯營28、214、240、278、284、521、617、645、646、903、棕1、藍20、藍27，繞駛時間為AM8：00-PM9：30(因本院地幅遼闊，敬請多利用直達院區之公車)。
2. 內湖院區周邊公車：指南6、0東、256、286、613、630、652、棕9、小3、台汽客運基隆-石牌線(請於「國防醫學中心」下車，步行約十分鐘)。
3. 捷運：捷運板南線「昆陽站」下車，可於4號出口搭乘本院免費之社區接駁車。
4.松山火車站：於松山後火車站松山慈祐宮前可搭乘本院免費之社區接駁車。
二、汀州院區：台北市中正區汀州路三段 40號
1. 0南左、1、10、30、74、208、236、251、252、253左、254左、278、291、311藍、510、606、623、626、643、644、新店客運（於台電大樓下車步行約五分鐘）。
2. 捷運：捷運新店線「台電大樓站」或「公館站」下車，步行約五至十分鐘。