基因改造食品大部分是基因改造生物體（genetically modified organism,
GMO）產品，依據聯合國農糧組織/世界衛生組織（FAO/WHO）食品標準委員會（Codex）及歐盟法規之定義，基因改造生物體係指:遺傳物質被改變的生物，其改變方式是藉由基因技術而非自然增殖或自然重組方式產生。
1992年中國基因改造煙草首先以商業栽種生產。1994年延遲熟化之基改蕃茄被核准開始在美國種植。基因改造微生物與其產品技術已發展的十分成熟並廣泛運用。基改動物則因成本較高目前以開發生產醫藥等用途產品為主，尚未有基改動物作為食品目的。基改作物在這近十年快速發展，常見改變性質主要目的為抗除草性、抗藥性、抗蟲害、抗病毒等，其次是延緩熟化、油脂成份修飾、改變花色等。已上市的基因改造農產品有玉米、大豆、油菜、馬鈴薯、蕃茄、棉花、南瓜、木瓜、甜菜、菊苣、油菜籽、康乃馨等。目前我國基改食品以美國進口大豆、玉米為主，自己研究發展之基改作物如水稻、阿拉伯芥等尚在隔離試驗階段，尚未有商業性種植生產。
基改作物雖然有產量增加、品質改進等優點，但長期安全性一直是個持續爭論的焦點，2001年美國有案例因食用由基改Starlink 玉米作成的Tacos 引發過敏。另有生態學者擔心殺蟲基因或耐除草基因會進入野草的基因裡，而產生超級野草，造成生態另一浩劫。此外，基改食品製造過程為確認轉殖基因是否插入，採用具有抗生素抗性之「標示基因」，因抗生素使用極為普遍及氾濫，是否增加細菌突變轉移成具有抗藥性的機率，都有待科學家進一步證實釐清。故基改食品的安全性仍需長期性的研究瞭解，以最科學的方法確保所有上市的基改食品擁有全部傳統食品的優點而沒有額外的風險，方能使消費者無疑慮。
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